Toyota Yaris 的常見故障涉及多個方面。煞車系統警告燈可能會亮起，這時應立即將車輛停在安全位置，並聯絡 4S 經銷商。引擎冷卻液過熱警告燈亦可能亮起，需要即時停車讓引擎冷卻。如果充電系統警告燈亮起，應將車輛停泊在安全地方，並尋求專業協助。
此外，亦可能出現啟動後熄火、行駛期間引擎熄火，或無法啟動車輛等問題，成因可以有很多。如不確定原因，建議聯絡 4S 經銷商進行診斷。當低引擎機油壓力等警告燈亮起時，應根據燈號顏色及閃爍方式判斷具體問題。
例如，啟動後熄火可能由進氣系統漏氣、節氣門線路或訊號問題引起。在這些情況下，檢查電池電壓及線路連接非常重要。對於配備 Toyota 2NZFE 電子控制引擎的 Yaris 車型，電氣故障亦可能是成因之一。
日常使用期間，定期保養亦十分重要，例如落雨後及時洗車、注意底盤清潔及防鏽，並確保點火系統在潮濕天氣下保持乾爽。
