船舶會使用多種燃料，傳統上以重燃油（例如殘渣型 RMG380）同船用柴油（例如餾分型 MGO 同 MDO）為主。重燃油因為價格低、能量密度高，係大型遠洋船舶嘅首選，但佢含硫量高、黏度高需要預熱，而且燃燒污染物排放較多。船用柴油之中，MGO 含硫量低、燃燒表現好，適合小型船舶、港口或排放控制區使用；MDO 則介乎兩者之間，可用於輔助引擎。隨住環保要求愈來愈嚴格，液化天然氣（LNG）已廣泛用作過渡燃料。佢燃燒時幾乎唔會產生硫氧化物或懸浮粒子，亦可大幅減少氮氧化物排放，不過甲烷洩漏仍然係一個問題。未來，綠色甲醇（常溫液體，易於儲存同運輸，能夠實現低碳排放）、氨（燃燒時唔會產生 CO₂，綠氨可實現碳中和）、氫（零排放但儲存有挑戰）以及生物燃料（可兼容現有設施，毋須大幅改裝即可減排）等潔淨能源，將會成為發展重點。呢啲燃料更能配合國際海事組織嘅減排目標，推動航運業綠色轉型。
