船舶所使用的燃料種類多元，選擇時需要按船舶類型、航行區域及環保法規作綜合判斷。在傳統燃料之中，重燃油（例如RMG380）因成本低、能量密度高，是大型遠洋船舶的主要燃料。不過，其高黏度需要預熱，而高含硫量亦令船舶需要配備脫硫設備，以符合IMO 2020全球0.5%硫含量上限。船用柴油燃料包括船用輕柴油（MGO）及船用柴油（MDO）。MGO潔淨且低硫（低硫版本硫含量≤0.1%），適合港口、排放控制區或小型船舶使用。MDO的性能介乎重燃油與輕柴油之間，常用於輔助引擎。至於潔淨過渡燃料，液化天然氣（LNG）幾乎不會產生硫氧化物排放，並可減少氮氧化物最多90%，因此在環保規例嚴格的地區廣泛採用。氫化植物油等生物燃料可毋須改裝系統，直接與傳統燃料混合使用，是短期減排的實際方案。在新興綠色燃料之中，綠色甲醇在常溫下保持液態，便於儲存，並具備顯著減碳效益；氨燃燒不會排放CO2，使綠氨有潛力成為未來深海航運燃料；而氫氣可實現零排放，但儲存需要低溫或高壓條件，因此較適合短途航線。隨着國際海事組織訂下2050年將航運溫室氣體排放減少50%的目標，船用燃料正逐步走向多元化及更潔淨的替代方案。船東必須從成本、環保表現及技術成熟度作全面評估，選擇合適燃料。
