燃料電池車嘅壽命受技術水平同日常保養明顯影響。目前主流產品嘅燃料電池壽命約為3000至5000小時。以每日駕駛1.5小時計算，大約相當於5至10年使用期。國際先進技術方面，例如Daimler-Ford聯盟開發嘅燃料電池系統，目標壽命為6000小時（約11年）；而喺商用車領域，亦有營運時間超過25,000小時嘅案例。
電池壽命嘅量度標準通常以容量衰減作為指標。當續航里程跌至初始值嘅70%，或者容量低於80%時，就應考慮更換，而相關成本約佔整車總價40%。延長壽命嘅關鍵在於技術迭代（例如將膜電極本地化率提升至80%）同規範使用（避免極端溫度，並維持合適嘅充放電習慣）。
目前國產燃料電池效率約為40%，全球研發趨勢顯示壽命正接近突破9000小時。未來技術升級將進一步提升成本效益同耐用性。需要留意嘅係，實際使用壽命亦會受車輛部件耐用度同保養頻率影響；喺規範保養之下，整車使用年期可以超過10年。
