燃料電池作為車輛動力來源具備明顯優勢。其能源轉換效率可達60%至80%，比傳統內燃機高出2至3倍。運作期間只排放水蒸氣，幾乎不會排出一氧化碳、二氧化碳或氮氧化物等污染物。配合甲醇重整供氫技術，排放更可降至極低水平。此外，燃料電池運作寧靜無噪音，電極沒有機械磨損，使用壽命亦較長。氫燃料來源亦相當廣泛，可由可再生能源生產，有助減少對化石燃料的依賴。
不過，這項技術仍面對挑戰。例如現階段其整體能源轉換效率低於純電動車；透過電解製氫會帶來額外能源損耗，可能令其經濟性及環保表現不及純電動車或插電式混能車。此外，氫燃料電池的普及亦受到加氫基建不足、技術未完全成熟及成本高昂所限制。加氫站所需的大額投資，與初期有限的用戶規模之間的落差尤其明顯。
儘管存在這些障礙，燃料電池憑藉高效率及零排放潛力，仍然是綠色交通中相當具前景的技術。
