汽車椅套的主要缺點包括清潔較困難、可能帶來安全隱患，以及潛在健康風險。首先，椅套容易積聚塵埃和污漬，尤其是布質椅套較難徹底清潔，長期使用更可能滋生細菌。其次，全包式椅套可能阻礙側氣袋正常彈出，影響緊急情況下對乘員的保護；而固定不穩的椅套在急煞時亦可能移位，增加風險。此外，低質素毛絨物料可能引起皮膚敏感，易燃物料則可能在意外起火時加劇火勢。
針對不同座椅類型：布質座椅建議使用防水仿皮椅套，以兼顧易清潔；仿皮座椅可選透氣棉麻椅套，減少焗促感；真皮座椅則宜選不易磨損的絲質椅套，避免刮花。若座椅配備側氣袋，應特別注意選擇半包式設計，並確保椅套通過安全認證。
合理選擇椅套需要平衡物料相容性、安全合規性，以及定期清潔保養，才能有效避免上述問題。
