雖然車冚可以提供一定保護，但亦有多項缺點，需要謹慎考慮。首先，車冚同車漆之間反覆摩擦，可能因風吹移動或積聚污垢而刮花表面，尤其劣質車冚粗糙嘅內襯會加速磨損。其次，熄匙後立即冚車會阻礙散熱，形成局部高溫高濕環境，可能導致金屬部件生鏽或電路老化。另外，設計欠佳嘅車冚會增加空氣阻力，降低燃油效率並影響高速穩定性；長時間密封覆蓋亦會加速車廂塑膠及橡膠部件老化。值得注意嘅係，唔合身嘅車冚喺強風下可能拍打車身，或因收納不當造成二次損傷。對高級車輛而言，建議選用專業度身訂製嘅車冚，並定期保養。如需長期泊車，應先徹底清潔及抹乾車身，再使用透氣車冚覆蓋，並避免喺氣溫最高時段使用。
