波箱損壞通常由多種因素共同造成，主要包括機械磨損、潤滑不足、操作不當，以及外部環境影響。齒輪、軸承、極力子等內部部件經長時間使用後出現自然磨損，是常見問題。具體而言，雙離合波箱可能在 150,000 公里後出現磨損跡象，而 AT 及 CVT 波箱一般耐用程度較高。
潤滑不足多數源於波箱油滲漏或變質。油液變壞會令油泥積聚，影響散熱及潤滑效率。建議棍波每 60,000 至 80,000 公里更換波箱油，自動波則每 80,000 至 100,000 公里更換，並必須嚴格使用指定油液規格。
駕駛習慣會明顯影響波箱壽命。例如自動波車輛未完全停定就入 R 波、凍車啟動後急加速，或以 N 波滑行（對 CVT 波箱尤其有害），都會增加內部負荷。棍波方面，未完全踩低極力子就轉波，或長時間半極力子滑行，可能導致磨齒及同步器損壞。
此外，散熱不足（例如油道堵塞或超負荷運作）可令油溫升至超過 120°C，加速油封老化及部件變形。入水或車底受撞，亦可能引致油液乳化或外殼破裂。
日常保養包括定期檢查油液水平、清潔散熱器、控制載重，以及在出現異響、頓挫或滲漏等異常症狀時及時診斷，都可以有效延長波箱使用壽命。
