波箱維修費用會因應類型、故障程度同維修渠道而有好大差異。棍波維修成本相對較低：更換極力子片約 600-2000 MYR，同步器或齒輪維修最高可達 5000 MYR。自動波箱（AT/CVT/雙離合）結構較複雜：基本油路清洗約 500-2000 MYR，電子控制單元故障維修 3000 MYR，更換極力子片 2000-6000 MYR，CVT 大修約 5000-8000 MYR，而更換波箱總成則要 10,000-30,000 MYR（豪華車型可達 30,000-100,000 MYR）。故障程度會直接影響費用：輕微更換油封約 1000-3000 MYR，中度維修閥體約 3000-8000 MYR，嚴重至更換總成則超過 10,000 MYR。維修渠道方面，4S 店費用通常比一般維修店高 30%-50%。例如 Sylphy 的 CVT 維修，4S 店約 8000 MYR，維修店約 6000 MYR。建議每 40,000-60,000 公里更換一次波箱油；如出現轉波頓挫或異響，應及時檢查，避免小問題惡化。冷門車型因零件較難搵，費用可能增加 30%-50%。維修前建議比較多間報價，並優先選用兼容性高的零件方案。
