喺各類自動波箱之中，AT 波箱通常保養成本最高，其次係 CVT，而 DCT 相對較低。由於 AT 波箱結構複雜，包含行星齒輪組同扭力轉換器等精密部件，維修需要高技術要求，費用亦昂貴。例如維修或更換故障扭力轉換器，費用可以由數千至超過一萬令吉，高階車型嘅保養開支更高。如果 CVT 波箱核心鋼帶磨損，更換費用大約介乎 10,000 至 40,000 令吉。雖然其結構較簡單，但鋼帶製造工藝精密，令維修成本維持偏高。至於 DCT 波箱，更換乾式雙離合器約需 4,000 至 5,000 令吉，而濕式雙離合器更換費用介乎 5,000 至 10,000 令吉，整體保養成本低過 AT 同 CVT 波箱。保養週期方面，建議 AT 同 CVT 波箱每 60,000 至 80,000 公里更換波箱油。雖然部分 CVT 車型以「終身免保養」作賣點，但業界專家仍建議喺 120,000 公里時檢查，以預防潛在故障。唔同品牌同車型嘅保養成本差異明顯。例如 Sylphy 更換 CVT 總成約需 20,000 令吉，而 Civic 或 Corolla 進行同一項目，費用可高達 40,000 令吉。長遠而言，按照車主手冊定期保養，並避免嚴苛駕駛環境，可以有效降低保養開支。消費者應根據自身車輛使用需要同預算限制，選擇最合適嘅波箱類型。
