雖然混能車有慳油同環保嘅優點，但亦有一啲明顯缺點。首先係購車成本較高：由於動力系統同電池組較複雜，混能型號售價通常比同級燃油車高 20% 至 30%。例如 Toyota Vios 混能版喺泰國售價約 160,000 令吉，明顯高過燃油版。第二，混能車保養成本相對較高。複雜動力系統增加維修難度，而電池壽命一般約 8 至 10 年；更換電池可能要數萬令吉，大幅增加長期擁車開支。另外，混能型號喺動力表現上亦有局限。電池電量不足會令動力輸出下降、噪音增加，喺長途行駛或激烈駕駛時尤其明顯。最後，混能車二手價普遍低過傳統汽車。電池衰退問題令二手車市場接受程度較低，殘值可能喺五年後明顯下跌。因此，消費者作購買決定時，必須仔細平衡慳油效益同較高整體成本。混能車特別適合市區通勤，但未必係長途行駛或高性能需求嘅理想選擇。
